Оказывается, не всё так просто.

Мало размонтировать устройство, также необходимо правильно его отключить. Если сделать краткую вижимку из ответов по ссылке выше, то рекомендуемый способ извлечения USB-устройств в Linux такой:

1. Сбросить кеш на диск:

   sync
   

2. Получить список подключенных разделов:

   mount -l
   

3. Размонтировать нужный раздел:

   sudo umount /dev/<путь_к_подключенному_разделу>
   

4. Отключить питание накопителя. Тут уже возможны варианты:

   • udisksctl, актуальный способ:

     udisksctl power-off -b /dev/<путь_к_устройству>
     

     Документация на эту утилиту находится здесь.

   • udisks, считается устаревшим:

     udisks --detach /dev/<путь_к_устройству>
     

Надеюсь, теперь ошибки на дисках, которые я подключаю через USB, будут появляться реже. Не люблю, когда устройство вроде бы отключено через Nautilus, а индикатор питания горит.