Имеет ли смысл делить конфигурацию Emacs на части? Разберём позиции обеих сторон.

PRO

Можно при необходимости отключить ненужные модули. Технически такая конфигурация сводится к тому, что мы имеет в init.el набор строк: одна строка — один пакет. Чтобы отключить какую-то строку, достаточно удалить или закомментировать одну строку.

Поддерживать несколько маленьких файлов проще чем один большой.

CONTRA

При разделении конфигурации нужно поддерживать изменения в двух местах: в init.el и в файле модуля, который отвечает за отдельную функциональность.

Сложнее найти нужное: поиск нужно выполнять не в одном месте с помощью isearch-forward, а с помощью grep. При этом в результаты будут попадать ещё и файлы из подкаталогов, например, elpa/.

Модули зависят друг от друга, но вы включили один, а про второй забыли? Страдайте! Ищите ошибку!

Моё личное мнение

Когда-то у меня была конфигурация, разделённая на части. Очень быстро сложность её поддержания перевесила мнимое удобство управления несколькими десятками файлов.

Таким образом, при аккуратном ведении init.el нет ни одной причины делить его на отдельные части.