Оказывается, не всё так просто.

Мало размонтировать устройство, также необходимо правильно его отключить. Если сделать краткую вижимку из ответов по ссылке выше, то рекомендуемый способ извлечения USB-устройств в Linux такой:

  1. Сбросить кеш на диск:

     sync

  2. Получить список подключенных разделов:

     mount -l

  3. Размонтировать нужный раздел:

     sudo umount /dev/<путь_к_подключенному_разделу>

  4. Отключить питание накопителя. Тут уже возможны варианты:

    • udisksctl, актуальный способ:

        udisksctl power-off -b /dev/<путь_к_устройству>

      Документация на эту утилиту находится здесь.

    • udisks, считается устаревшим:

        udisks --detach /dev/<путь_к_устройству>

Надеюсь, теперь ошибки на дисках, которые я подключаю через USB, будут появляться реже. Не люблю, когда устройство вроде бы отключено через Nautilus, а индикатор питания горит.